故事發生在東京八丈島近海這里建成了一座連接了全球各地警方監控攝像的海洋設施“太平洋浮標”在這座設施正式啟動之前為了與歐洲刑警組織管轄的范圍聯網世界各國的IT工程師來到現場而與此同時一項應用了人臉識別系統的“新技術”的測試也在進行中……另一方面柯南和少年偵探團在園子的招待下來到八丈島賞鯨此時柯南接到來自沖矢昂（赤井秀一）的電話被告知歐洲刑警組織的成員在德國遭到琴酒的殺害為調查真相柯南偷偷混進了前往“太平洋浮標”進行警備工作的黑田兵衛等警視廳人員乘坐的警備艇中進入設施內部之后在為系統啟動而穩步展開準備工作的設施內發生了案件——一名女性工程遭到黑衣組織的綁架而她手中裝有某些情報的U盤也落到了黑衣組織的手里海中傳來令人毛骨悚然的螺旋槳聲而此時身在八丈島的灰原哀身邊也正有黑影在悄悄靠近……