第一季的最后一集當邁克（文特沃斯?米勒 Wentworth Miller 飾）和林肯（多米尼克?珀塞爾 Dominic Purcell 飾）他們跑到黑幫老大阿布魯奇派來的飛機所停泊的地方時飛行員因為安全問題而沒等到他們就離開了逃脫的囚犯們只能望天長嘆于是他們各自展開了逃亡生涯 　　FBI追捕逃犯的資深探員馬宏在副總統的授權下成為捉捕小組的主管他決定逐個擊破另一方面莎拉的父親因為林肯這起案件而遭滅口她開始相信麥克了并從父親的遺物那里獲得蛛絲馬跡；副總統的手下Kellerman 前往捉捕林肯的兒子LJ準備拿他當人質時將LJ一家都殺死了而卻被LJ意外逃脫；一直幫助林肯的律師掌握到了越來越多的線索……一切陰謀似乎都在慢慢揭開